《南京中医药大学学报》创刊于1959年，是由江苏省教育厅主管，南京中医药大学主办的有影响的综合性中医药学术刊物。
据2022年12月《南京中医药大学学报》编辑部官网显示，《南京中医药大学学报》第九届编委会有编委96人、青年编委会26人。
据2022年12月17日中国知网显示，《南京中医药大学学报》共出版文献量为7186篇、总被下载次数为1822476次、总被引次数为71813次；（2022版）复合影响因子为2.604、（2022版）综合影响因子为1.81。 据2022年12月17日万方数据知识服务平台显示，《南京中医药大学学报》共出版文献量为4295篇、被引量为55961次、下载量为317191次、基金论文量为2670篇；2020年影响因子为2.45。
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