中国医学科学院生物医学工程研究所是生物医学工程专业领域最早成立的国家级研究所，也是北京协和医学院生物医学工程“一流学科”建设的主要承担单位。工程所直属于中华人民共和国国家卫生健康委员会，是国家公益一类事业单位。
中国医学科学院生物医学工程研究所的前身是中国医学科学院医学仪器器械研究所，1960年成立于北京。1978年，研究所更名为中国医学科学院生物医学工程研究所。
据2023年8月研究所官网数据，中国医学科学院生物医学工程研究所有在职职工124人，具有国家级高层次人才6人，高级职称62人，博士生导师15人，硕士生导师21人；下设11个研究科室、3个支撑平台、5个依托单位。
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