三沙市人民政府是中华人民共和国海南省三沙市的地方国家行政管理机关，是三沙市人民代表大会的执行机关，对三沙市人民代表大会和海南省人民政府负责并报告工作，在三沙市人民代表大会闭幕期间，对三沙市人民代表大会常务委员会负责并报告工作，每届任期五年，实行市长负责制。
2012年7月，三沙市人民政府正式成立。截至2015年7月，三沙市人民政府设置13个组成部门（行政单位）、18个事业单位 和4个派出机构。三沙市人民政府驻地位于西沙区永兴岛，设有驻海口临时办公区。
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