中华人民共和国南京海关（NANJING CUSTOMS DISTRICT P.R.CHINA），简称“南京海关”，是中华人民共和国在江苏省南京口岸设立的进出境监督管理机关，是隶属于中华人民共和国海关总署的海关，也是中国在长江内河设立的第一个海关机构 。
1978年9月23日，中华人民共和国国务院批准在南京设立海关 ；1979年1月1日，中华人民共和国南京海关正式开关 ；2018年4月14日，原江苏出入境检验检疫局职责和队伍划入中华人民共和国南京海关 。
据2024年1月中华人民共和国南京海关官网显示，现任关长是辛建民。
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