复旦大学数学科学学院成立于2005年，由原复旦大学数学系与数学研究所合并而来，其历史可追溯到复旦大学于1943年设立并首次开始招收数学专业学生的数理系数学组。1952年全国高校院系大调整，复旦大学正式成立数学系，由原复旦大学数理学系数学组，浙江大学、同济大学、交通大学和大同大学等校数学系合并组成 ，苏步青、陈建功等一批教授来到复旦，建立了微分几何、函数论等研究方向。复旦数学一时英才齐聚，由此正式开启了黄金时代。1956年，苏步青教授创立中国科学院数学研究室，1958年更名为复旦大学数学研究所。学科陆续增加了偏微分方程、泛函分析、积分方程、计算数学、代数学、概率论等研究方向。 学院设有数学系、应用数学系、金融数学与控制科学系、信息与计算科学系、概率统计与精算系和数学研究所。
在以苏步青教授、陈建功教授为代表的老一辈数学家的带领下，经过数学学院全体教职员工六十余年的共同努力，复旦大学数学学科已发展成为一个在国际上有相当影响，在国内有显著地位的数学研究和人才培养基地。
复旦大学数学学科1993年被国家教委批准为基础学科人才培养基地，在1999年和2004年的两次评估中被评为优秀基地。基础数学、应用数学、运筹学与控制论是首批国家重点学科，2007年，数学学科成为国家一级重点学科。在2007年、2012年、2017年的教育部学科评估中综合排名均名列前二。
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