福建医科大学图书馆，始建于1937年，由旗山校区图书馆、乌山校区图书馆、四所直属附属医院（附属协和医院、附属第一医院、附属第二医院、附属口腔医院）分馆等三个部分组成，总建筑面积达2.75万平方米。
截至2023年8月31日，福建医科大学本部馆藏纸质图书总量129.4万册，电子图书258.72万册，电子期刊49.8万册，学位论文1059.42万册，音视频85230.62小时，馆藏数据库共59个；附属医院馆藏纸质图书总量39.89万册，电子图书191.2万册，电子期刊5.91万册，学位论文67.81万册，音视频5266小时。本部图书馆1991年4月被国家卫生部教育司确定为全国医学图书馆文献资源共享网络系统省级中心馆。
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