喀什噶尔参赞大臣，是清代官职名，指清代新疆回部地方的驻扎大臣。“总理回部各城事务”。
乾隆二十四年（1759年）始置，清政府在平定新疆南部的大小和卓叛乱以后，鉴于当时的周边环境，经过慎密的事前考察后，在新疆实施了军政合一、以军统政的行政管理制度——军府制。因其驻喀什噶尔（今新疆喀什市）办事，故称喀什噶尔参赞大臣。
乾隆二十八年（1763年），以喀什噶尔参赞大臣“总理回疆事务”，驻喀什噶尔新城（即后来的徕宁城）。
光绪十年（1884年）11月，新疆建行省，喀什噶尔参赞大臣辖地俱改府、州、直隶厅，参赞大臣遂裁撤。
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