根据《中共江苏省委、江苏省人民政府关于印发〈苏州市人民政府机构改革方案〉的通知》（苏委〔2009〕413号）和《中共苏州市委、苏州市人民政府关于印发〈苏州市人民政府机构改革实施意见〉的通知》（苏发〔2009〕56号），设立苏州市环境保护局，挂苏州市太湖流域水污染防治办公室牌子，为市政府工作部门，正处级建制。
2019年1月，根据《苏州市机构改革方案》，苏州市对应中央和省级机构改革，调整优化相应机构和职能。组建苏州市生态环境局，不再保留市环境保护局。
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