东南大学创建于1902年的三江师范学堂，1905年学校把体操列入课程之一；1916年开设体育师资科，1923年成立体育系，直至1952年院系专业调整，才停招体育专业学生，原上海华东体育学院（现上海体育学院）就是以东南大学体育系为主体建立的。
新中国成立后，体育系认真贯彻德、智、体全面发展的教育方针，锐意改革，大力开展群众体育活动，把增强学生体质作为首要任务。1954年，作为全国高校“劳卫制”试点校取得了可喜成绩；1979年5月，被表彰为“体育卫生工作先进集体”；1983年，群众体育工作荣获第五届全国运动会群众体育先进单位；1988年，受到江苏省人民政府嘉奖；1989年，体育课程获国家级教学成果奖。
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