中国科学院南京地质古生物研究所（Nanjing Institute of Geology and Palaeontology,Chinese Academy of Sciences）是中国从事古生物学（古无脊椎动物学与古植物学）和地层学研究的专业机构。
中国科学院南京地质古生物研究所成立于1951年，其前身为前中央研究院地质研究所及前中央地质调查所等机构的古生物室（组）。
截至2022年12月，中国科学院南京地质古生物研究所共有在编职工180人，中国科学院院士3人；截至2024年1月，中国科学院南京地质古生物研究所拥有1个重点实验室、4个基础研究部、1个应用部门以及4个支撑部门；截至2022年10月，中国科学院南京地质古生物研究所拥有一级学科博士学位授权点3个、二级学科博士学位授权点3个、二级学科硕士学位授权点4个。
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