自然资源部第二海洋研究所（Second Institute Of Oceanography,MNR）是一座学科齐全、科技力量雄厚、设备先进的综合型公益性海洋研究机构，隶属于中华人民共和国自然资源部。
自然资源部第二海洋研究所创建于1966年，2018年11月，国家海洋局第二海洋研究所正式更名为自然资源部第二海洋研究所。
据2024年3月研究所官网数据，自然资源部第二海洋研究所拥有在职职工400余人，其中中国科学院院士2人，中国工程院院士3人，浙江省特级专家4人，正高级专业技术人员93人，副高级专业技术人员177人；建有1个国家重点实验室和3个自然资源部重点实验室，与浙江省共建有浙江省海洋科学院，还建有海洋检测中心、海洋标准物质中心等技术服务机构和技术支撑体系，在浙江临安建有科技研发基地。
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