厦门市气象台成立于1952年。1989年1月成立厦门市气象局，与厦门市气象台实行“局台合一、一个机构两块牌子”的运作方式。1990年10月3日，厦门市气象局实行计划单列，局台分开，厦门市气象台（厦门市海洋气象台）为正处级单位，属厦门市气象局下属事业单位。2015年7月21日，厦门市气象信息网络中心更名为厦门市气象信息网络与技术保障中心，挂靠厦门市气象台管理，为厦门市气象台业务独立运行的二级机构；厦门市气象探测与技术保障中心更名为厦门市气象探测中心，隶属厦门市气象台管理。
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