福建省昙石山遗址博物馆于1998年正式成立，占地面积1460平方米，这是福建省第一座依托于史前遗址的博物馆。博物馆展览以半个多世纪以来考古发掘出土的昙石山文化遗物为陈列品，充分运用雕塑、仿真场景、多媒体、图片、文字资料和声光电等多种方式，多方位、生动地再现了五千年前昙石山人生产、生活的场景，还揭示了昙石山人的社会意识，昙石山文化的源流及与海峡对岸新石器时代文化的紧密联系。
2018年9月，经中国博物馆协会决定同意福建省昙石山遗址博物馆为国家二级博物馆。
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