关东军化学部成立于1939年5月11日，在黑龙江省齐齐哈尔市设立，又名“满洲第五一六部队”。在日本国内被称为“日本陆军化学研究所”，这个部队主要研制一系列毒剂。包括芥子气、路易氏气、氯酸瓦斯等，并应用于实战。
1939年5月11日化学兵器班作为化学部（代号516）而独立出来，第一任部长由技术部部长小野行守兼任。化学部的任务与中央的科学研究所的任务大体相当，即化学战的运用。在这之后技术部迁移到新京（长春），化学部占了原技术部的全部土地与建筑。化学部同毗邻的迫击第2联队（1938年5月设立，部队代号525），共同成为化学战研究的中心。
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